概要
登場：恐怖の谷、最後の事件
ホームズが自身と同じ頭脳と認める人物。最も邪悪な人物とされ表世界では高名な学者だが、裏の顔はロンドンの犯罪組織を取り仕切る首領。
どんな悪事をしたとしても表の顔が強すぎて誰も批判できない。通称「犯罪界のナポレオン」。
ホームズはモリアーティ亡き後のロンドンをつまらないとした。
ホームズがモリアーティに相応しい人物は「スリークォーターの失踪」のレスリー・アームストロング博士と見ているが博士は善良の人間であるためモリアーティのようなことをしない。
経歴
21歳で二項定理に関する論文を書きヨーロッパで大評判となり数学部長の座を得る。
悪事が高まり大学でも噂となり教授職を追放されロンドンへ来た。
今度は軍人相手の教師となる（「最後の事件」）。
純数学の本「小惑星の力学」の著者で高みに上り詰めた本とされる（「恐怖の谷」）。
活躍
「恐怖の谷」
フレッド・ポーロックに手を貸すが、ポーロックを怪しむ。
スカウラーズの依頼で刺客を送ってジョン・ダグラスを殺害しようとしたが死なず無罪を勝ち取ったダグラスをセントヘレナ沖の船で強風の中、行方不明と見せかけて殺害する。
「最後の事件」
ホームズに一度会い警告に来た。ホームズはこれを「物腰やわからで正確な話をして脅しは一切なし」という奇妙な態度をとる。
ホームズに次々と刺客を放ち苦しませた。ホームズの通報により組織は壊滅するもモリアーティは逃走した。ホームズとの決着をつけるためライヘンバッハの滝に向かいホームズと戦い滝つぼの中へと落とされた。「ノーウッドの建築業者」ではホームズがモリアーティ亡き後のロンドンはつまらなくなったと語っていた。
親族
ジェームズ・モリアーティ大佐
登場：「最後の事件」兄弟（兄か弟か不明）。モリアーティの名誉回復のために活動する。ワトソンはこれに対抗して事実を正確に公表することに出た。
配下
フレッド・ポーロック
登場：「恐怖の谷」
部下だが、あまりにも恐れてホームズに暗号文を渡した裏切り者。
パーカー
登場：「空き家の冒険」
首を絞めてから盗みを働くモラン大佐の部下。